湖南舜皇山国家级自然保护区位于越城岭中段，东南构造地洼区湘干地洼系湘中地穹列邵阳地穹内，是一个成熟的大陆型地壳，经历多阶段的地壳演化历史，逐步形成越城岭—紫云山—牛头寨隆起带，在越城岭形成高中山险峰狭谷花岗岩地貌。舜皇山—紫云山及其邻区的地貌主要分为剥蚀构造地貌和侵蚀剥蚀构造地貌。剥蚀构造地貌有高中山台原洼地、中山垄脊峡谷、中低山驼脊谷地、低山单面山。侵蚀剥蚀构造地貌有中山齿峰狭谷、中山峰脊峡谷、低山齿脊峡谷。
舜皇山往北东沿该山脉延伸是紫云山，是越城岭北东尾翼。保护区内山高坡陡，沟壑纵横，水系交错，地形复杂，大小山峰108座，最高海拔大云山1995m，最低海拔榧子脚470m，舜皇山海拔1882.4m，是越城岭的第三高峰，也是湘西南名山之一，紫云山海拔1623m。
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